Είναι κτισμένη σε μια μικρή εδαφική ανύψωση, στην δεξιά πλευρά της κοίτης του Χαβγά απέναντι από τον Αγ. Κωνσταντίνο, είχε 9 κατοίκους (2001) και απέχει από το Ηράκλειο 57,9 χλμ. και από τον Αγ. Νικόλαο 40,9 χλμ.
Η Μονή Κρουσταλλένιας είναι το θρησκευτικό κέντρο του Οροπεδίου Λασιθίου και το κέντρο συνάντησης των κατοίκων, όταν πρόκειται να συζητήσουν θέματα γενικότερου ενδιαφέροντος.
Πότε ιδρύθηκε η μονή δεν είναι γνωστό. Ορισμένες φιλολογικές μαρτυρίες κάνουν λόγο για ύπαρξη της μονής τον 13ο αιώνα, οπότε η ίδρυσή της θα πρέπει να τοποθετηθεί στην Β’ Βυζαντινή περίοδο. Δυστυχώς οι μαρτυρίες αυτές δεν επιβεβαιώνονται από άλλες πηγές και η εξ αυτών χρονολόγηση δεν είναι βέβαιη.
Η δεύτερη χρονολόγηση βασίζεται στο γεγονός ότι κατά την διανομή χωραφιών του Λασιθίου σε Πελοπονήσιους πρόσφυγες το 1543, εκτός των άλλων δικαιούχοι ήταν και οι αδελφές Θεοκλήτη και Παλα-ντία Ντανασή που αναλάμβαναν την υποχρέωση να ιδρύσουν στο Λασίθι δύο μονές.
Της Αγ. Μαρίνας και της Παναγίας αντίστοιχα. Γνωρίζουμε λοιπόν ότι η Θεοκλήτη ίδρυσε την μονή της Αγ. Πελαγίας στην Αλέξαίνα. Είναι επίσης βέβαιο ότι και η Παλαντία ίδρυσε την μονή της Παναγίας ή ενδεχομένως να ανακαίνισε μια παλαιό αφού 40 χρόνια αργότερα ίσχυε η παραχώρηση των χωραφιών, είναι πολύ πιθανόν η Μονή που ίδρυσεη Παλαντία να είναι η μονή Κρουσταλλένιας η οποία κατά συνέπεια, θα πρέπει να ιδρύθηκε στα μέσα του 16ου αιώνα. Την άποψη αυτή έρχεται να ενισχύσει η ύπαρξη ενός αρχιτεκτονικού στοιχείου που βρίσκεται στην μονή. Πρόκειται για ένα λιθόγλυπτο αγιο-θύριδο που υπήρχε παλαιότερα στον φεγγίτη του Ιερού και αφαιρέ-θηκε προπολεμικά κατά τις εργασίες ανακαίνισης του ναού, για να διευκολύνεται ο αερισμός του Αγίου Βήματος. Σήμερα διακρίνονται ακόμη στην θέση αρχική του η βάση και κάποια τμήματα του παλιού λιθόγλυπτου που φυλάσσεται στην μονή.
Το λιθόγλυπτο αυτό έχει ακριβώς τα ίδια θέματα, είναι της ίδιας επιμελημένης κατασκευής και έχει τις ίδιες διαστάσεις με εκείνο που είναι ακόμη στην θέση του στον ναό της Παντάνασσας στο Αβδού. Προφανώς και τα δύο αυτά έργα κατασκευάστηκαν από τον ίδιο τεχνίτη. Επειδή είναι γνωστή ή χρονολογία ανέγερσης του ναού της Παντάνασσας 1600μ.χ., μπορούμε χωρίς δυσκολία να υποστηρίξουμε ότι και ο ναός της Κρουσταλλένιας θα πρέπει να αναγέρθηκε την ίδια εποχή.
Η μονή έπαιξε σημαντικό ρόλο σ’ όλα τα γεγονότα της περιόδου της Τουρκοκρατίας. Στήριξε την ομάδα των Χαΐνηδων του Καζανομα-νώλη που είχαν το λημέρι τους στην Αλοΐδα κοντό στο μετόχι της, στους Αγ. Αποστόλους. Ήταν το κέντρο συνάντησης των καπεταναίων της περιοχής και οι ηγούμενοι της μετείχαν στις συσκέψεις για λήψη αποφάσεων και αποτελούσαν μέλη τοπικών αντιπροσωπειών σε παγκρήτιες ή τοπικές συναντήσεις.
Στην Κρουσταλλένια κατέληγαν και εκεί φιλοξενούνταν συχνό ξένοι περιηγητές και επισκέπτες όπως ο Siber το έτος 1817, στον οποίο οι πιο ηλικιωμένοι καλόγεροι είπαν ότι κανείς Ευρωπαίος ή φραγκος δεν έχει ανεβεί στο Λασίθι τα τελευταία 27 χρόνια δηλαδή από το 1790. Ο Fabreguettes το 1834 ο οποίος διαπίστωσε ότι οι μοναχοί δεν είχαν κατορθώσει να επανορθώσουν ούτε μερικές από τις καταστροφές του Χασάν πασά το!823, ο Raulinl845 κλπ.
Όχι μόνο ξένοι αλλά και επίσημοι Έλληνες φιλοξενήθηκαν στην μονή: ο Ύπατος Αρμοστής Πρίγκιπας Γεώργιος τον Φεβρουάριο του 1903 και ο Ελευθέριος Βενιζέλος τον ίδιο χρόνο λίγο αργότερα.
Κατά την επανάσταση του 1821 η μονή λεηλατήθηκε και στην συνέχεια πυρπολήθηκε και καταστράφηκε από τα τουρκοαιγυπτιακά στρατεύματα τον Ιανουάριο του 1823. Κατά την Μεγάλη Επανάσταση 1866-69 η Κρουσταλλένια διαδραμάτισε πρωταγωνιστικό ρόλο γιατί κατά την Μάχη του Λασιθίου (20-30 Μαΐου 1867) υπήρξε η έδρα της Επαναστατικής Επιτροπής των Ανατολικών επαρχιών. Εδώ βρισκόταν οι αποθήκες των πυρομαχικών και των εφοδίων και εδώ είχε εγκατασταθεί το “εργοστάσιο των πυριτοβολών”.
Κατά την περίοδο της διασυμμαχικής κατοχής της Κρήτης (1897-98) ένα μικρό απόσπασμα Γάλλων στρατιωτών είχε εγκαταστόαθεί στην Κρουσταλλένια για την τήρηση της τάξης στο Οροπέδιο.
Επί Κρητικής Πολιτείας η Κρουσταλλένια σαν μεσοστρότι της διαδρομής Βιόννος -Νεάπολη (τότε η Βιόννος υπαγόταν στον νομό Λασιθίου) φιλοξενούσε τους Βιαννίτες που πήγαιναν στην πρωτεύουσα του Νομού για διεκπεραίωση υποθέσεων τους.
Μετά τη δέσμευση των 2/5 της περιουσίας των Μονών για ενίσχυση των εφεδροταμείων έγινε σκέψη να αξιοποιηθεί τουριστικό η μονή, είχαν μάλιστα ετοιμασθεί και τα σχετικό σχέδια, αλλά τελικό δεν προχώρησαν. Κατά την περίοδο 1940-44 η μονή ξανόγινε κέντρο εθνικής δράσης, ενώ αργότερα τον Φλεβάρη του 1943 μετατράπηκε από τους κατακτητές σε στρατόπεδο συγκέντρωσης.
Σήμερα η Μονή προσπαθεί να προσαρμοσθεί στο νέο περιβάλλον και στα νέα δεδομένα, πάντα στα πλαίσια του ορθόδοξου μοναχισμού.
Μια σημαντική δραστηριότητα που αναπτύχθηκε παλαιότερα με επιτυχία στους χώρους της Μονής ήταν η εκεί τακτική λειτουργία ενός σχολείου από τα μέσα του 19ου αιώνα έως το!926.
Μεγάλη υπήρξε η προσφορά της Κρουσταλλένιας στον Θρη -σκευτικό, στον κοινωνικό και στον εθνικό τομέα. Στην απόμακρη αυτή γωνιά της Κρητικής γης στα απρόσιτα Λασιθιώτικα βουνό η Κρουσταλλένια κρότησε ζωντανή την εθνική συνείδηση, την έννοια της κοινωνικής αλληλεγγύης και την φλόγα της πίστης τις βάσεις της αναγέννησης τους έθνους.